Af sikkerhedsgrunde gemmes CPR-numre ikke i læsbar form i SkoleIntra. I stedet gemmes for hver bruger en tekststreng, der dannes ved hjælp af SkoleIntras egen hemmelige krypteringsalgoritme ud fra bl.a. cpr-nummeret. Krypteringen er irreversibel. Dvs. at man ikke ud fra den krypterede tekststreng kan genskabe en brugers rigtige cpr-nummer.
 
Import
 
Det krypterede cpr-nummer benyttes blandt andet ved opdatering af oplysninger om elever, forældre og medarbejdere fra de administrative systemer for at afgøre, om der er tale om nye brugere eller brugere, som allerede findes i SkoleIntras database. Navne og adresser er jo ikke altid unikke, så derfor er cpr-numre nødvendige til entydig identifikation.
 
Første indlogning
 
I forbindelse med det første login i PersonaleIntra og ForældreIntra skal brugeren anvende et brugernavn, som udleveres af skolen. Som adgangskode skal brugeren indtaste sit cpr-nummer. Når brugeren har indtastet brugernavn og cpr-nummer og klikker på Login-knappen, sendes oplysningerne over en sikret forbindelse (SSL) til serveren. På serveren krypteres det indtastede cpr-nummer med SkoleIntras hemmelige krypteringsalgoritme, og resultatet sammenlignes med den tekststreng, som er gemt i SkoleIntras database. Hvis de to krypterede tekststrenge er ens, får brugeren adgang til SkoleIntra, og vedkommende skal vælge sig en personlig adgangskode på mindst 6 tegn (uden æøå). Når brugeren har valgt en personlig adgangkode, vil det ikke længere være adgang med cpr-nummeret som password. 
 
Hvorfor cpr-nummer som førstegangskode?
 
Hensigten med at anvende CPR-nummeret ved det første login er:
Når en bruger logger sig på med cpr-nummer som adgangskode, gemmes cpr-nummeret ikke, men brugeren kan etablere sit eget password som ligeledes krypteres og kun kendes af brugeren. 
 
På skoler der ikke anvender rigtige cpr-numre til identifikation af personer, vil der fortsat være behov for at udlevere en midlertidig pinkode til forældrene.
 
PS: En del kommunale skoler giver mulighed for, at forældre kan anvende NemId ved indlogningen, og her vil brugeren have mulighed for at logge på uden at oplyse sit cpr-nummer, men stadig kunne etablere sit eget password, der kan anvendes ved efterfølgende logins.